JNROFF /usr/bin/groff -Tnippon -mandocjとなっているので、これを
JNROFF /usr/bin/groff -Deuc-jp -Tutf8 -mandoc 2>/dev/nullと書き替える。JNEQN についても
JNEQN /usr/bin/eqn -Tutf8としておいた方がいいでしょう。
man manを試してみて下さい。 # 一行の長さカウントが間違っているのはご愛敬ということで ^^; (追記: この問題は 1.7.14 でほぼ解消されました)
JNROFF /usr/bin/groff -Dutf8 -Tutf8 -mandoc 2>/dev/nullとして下さい。
bash --login -iの行の前に
set LANG=ja_JP.UTF-8と行を追加し、環境変数を設定してから Cygwin を起動するようにする。