タンパク質修飾生物学研究室

 

 

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<研究業績>

学術論文

Iwagishi R, Tanaka R, Seto M, Takagi T, Norioka N, Ueyama T, Kawamura T, Takagi J, Ogawa Y, Shirakabe K.* Negatively charged amino acids in the stalk region of membrane proteins reduce ectodomain shedding. J Biol Chem. 295(35), 12343-12352, 2020. *: corresponding author

Editors’ Picksに選出, バーチャル特別号Women in Biological Chemistryに掲載されました

 

Hanafusa H., Yagi T., Ikeda H., Hisamoto N., Nishioka T., Kaibuchi K., Shirakabe K. and Matsumoto K. LRRK1 phosphorylation of Rab7 at S72 links trafficking of EGFR-containing endosomes to its effector RILP. J Cell Sci. 132(11), pii: jcs228809. doi: 10.1242/jcs.228809. 2019.

 

Shirakabe K. *, Omura T., Shibagaki Y., Mihara E., Homma K., Kato Y., Yoshimura A.,

Murakami Y., Takagi J., Hattori S. and Ogawa Y. Mechanistic insights into ectodomain

shedding: susceptibility of CADM1 adhesion molecule is determined by alternative

splicing and O-glycosylation. Sci Rep. 7, 46174, doi: 10.1038/srep46174. 2017. *: corresponding author

 

Tsumagari K.*, Shirakabe K.*, Ogura M., Sato F., Ishihama Y. and Sehara-Fujisawa A. Secretome analysis to elucidate metalloprotease-dependent ectodomain shedding of glycoproteins during neuronal differentiation. Genes Cells. 22(2), 237-244, 2017. *: equal contributions

 

Shirakabe K.*, Shibagaki Y., Yoshimura A., Koyasu S. and Hattori S. A proteomic approach for the elucidation of the specificity of ectodomain shedding. J Proteomics. 98, 233-243, 2014. *: corresponding author

 

Shirakabe K.*, Hattori S., Seiki M., Koyasu S. and Okada Y. VIP36 protein is a target of ectodomain shedding and regulates phagocytosis in macrophage Raw 264.7 cells. J Biol Chem. 286(50), 43154-43163, 2011. *: corresponding author

 

Machida M., Kosako H., Shirakabe K., Kobayashi M., Ushiyama M., Inagawa J., Hirano J., Nakano T., Bando Y., Nishida E. and Hattori S. Purification of phosphoproteins by immobilized metal affinity chromatography and its application to phosphoproteome analysis. FEBS J. 274(6), 1576-1587, 2007.

 

Shirakabe K., Priori G., Yamada H., Ando H., Horita S., Fujita T., Fujimoto I., Mizutani A., Seki G. and Mikoshiba K. IRBIT, an inositol 1,4,5-triphosphate receptor-binding protein, specifically binds to and activates pancreas-type Na+/HCO3- cotransporter 1 (pNBC1). Proc Natl Acad Sci USA., 103(25), 9542-9547, 2006.

 

Ohkawara B.*, Shirakabe K.*, Hyodo-Miura J., Matsuo R., Ueno N., Matsumoto K. and Shibuya H. Role of the TAK1-NLK-STAT3 pathway in TGF-beta-mediated mesoderm induction. Genes Dev. 18(4), 381-386, 2004. *: equal contributions

 

Yamada M., Ohkawara B., Ichimura N., Hyodo-Miura J., Urushiyama S., Shirakabe K. and Shibuya H. Negative regulation of Wnt signalling by HMG2L1, a novel NLK-binding protein. Genes Cells. 8(8), 677-684, 2003.

 

Yan Y., Shirakabe K. and Werb Z. The metalloprotease Kuzbanian (ADAM10) mediates the transactivation of EGF receptor by G protein-coupled receptors. J Cell Biol. 158(2), 221-226, 2002.

 

Shirakabe K., Terasawa K., Miyama K., Shibuya H. and Nishida E. Regulation of the activity of the transcription factor Runx2 by two homeobox proteins, Msx2 and Dlx5. Genes Cells. 6(10), 851-856, 2001.

 

Shirakabe K., Wakatsuki S., Kurisaki T. and Fujisawa-Sehara A. Roles of Meltrin beta/ADAM19 in the processing of neuregulin. J Biol Chem. 276(12), 9352-9358, 2001.

 

Shirakabe K., Yamaguchi K., Shibuya H., Irie K., Matsuda S., Moriguchi T., Gotoh Y., Matsumoto K. and Nishida E. TAK1 mediates the ceramide signaling to stress-activated protein kinase/c-Jun N-terminal kinase. J Biol Chem. 272(13), 8141-8144, 1997.

 

Moriguchi T., Kuroyanagi N., Yamaguchi K., Gotoh Y., Irie K., Kano T., Shirakabe K., Muro Y., Shibuya H., Matsumoto K., Nishida E. and Hagiwara M. A novel kinase cascade mediated by mitogen-activated protein kinase kinase 6 and MKK3. J Biol Chem. 271(23), 13675-13679, 1996.

 

Shibuya H., Yamaguchi K., Shirakabe K., Tonegawa A., Gotoh Y., Ueno N., Irie K., Nishida E. and Matsumoto K. TAB1: an activator of the TAK1 MAPKKK in TGF-beta signal transduction. Science. 272(5265), 1179-1182, 1996.

 

Yamaguchi K., Shirakabe K., Shibuya H., Irie K., Oishi I., Ueno N., Taniguchi T., Nishida E. and Matsumoto K. Identification of a member of the MAPKKK family as a potential mediator of TGF-beta signal transduction. Science. 270(5244), 2008-2011, 1995.

 

Gotoh Y., Masuyama N., Dell K., Shirakabe K. and Nishida E. Initiation of Xenopus oocyte maturation by activation of the mitogen-activated protein kinase cascade. J Biol Chem. 270(43), 25898-25904, 1995.

 

Shirakabe K., Gotoh Y. and Nishida E. A mitogen-activated protein (MAP) kinase activating factor in mammalian mitogen-stimulated cells is homologous to Xenopus M phase MAP kinase activator. J Biol Chem. 267(23), 16685-16690, 1992.

 

日本語総説

白壁 恭子:「プロテオーム解析から明らかになったシェディングの役割と制御機構」化学と生物57(1) 15-20.2019

 

   学会発表

2022年度

 

北⽅ 紗知(M2)、梶⽥ 美穂⼦、⽩壁 恭⼦:ポスター発表

細胞間コミュニケーションにおけるSIRPαスプライシングバリアントの機能の⽐較

45回日本分子生物学会年会 20221130日、幕張メッセ

 

坂本 郁弥(M2)、梶⽥ 美穂⼦、⽩壁 恭⼦:ポスター発表

Rab7変異体を⽤いたリン酸化の解析

45回日本分子生物学会年会 20221130日、幕張メッセ

 

花 智海(M2)、梶⽥ 美穂⼦、⽩壁 恭⼦:ポスター発表

VIP36の膜内切断 (RIP) 感受性を決定する膜貫通領域アミノ酸配列について

45回日本分子生物学会年会 20221130日、幕張メッセ

 

白壁 恭子、梶⽥ 美穂⼦:⼝頭発表

膜タンパク質の2段階プロセシングが果たす機能的意義とその制御機構

95回日本生化学会大会 20221111日、名古屋国際会議場

 

白壁 恭子:ワークショップ

To be PI or non PI, that should be a question

95回日本生化学会大会 20221111日、名古屋国際会議場

 

梶田美穂子、菅波孝祥、浅原哲子、白壁恭子:⼝頭発表・ポスター発表

細胞外領域シェディング耐性のTREM2変異体の作製

27回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2022819日、愛媛大学 南加記念ホール

 

福永 拓(M1)、武内 章英、梶田 美穂子、白壁 恭子:⼝頭発表・ポスター発表

蛍光レポーターを⽤いた Alcam 遺伝⼦の選択的スプライシングの解析

27回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2022819日、愛媛大学 南加記念ホール

 

松井 耀史朗(M1)、越山 友美、元村 一基、梶田 美穂子、白壁 恭子:⼝頭発表・ポスター発表

Don’t eat meシグナル受容体SIRPαの細胞外領域の大きさが機能に与える影響

27回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2022819日、愛媛大学 南加記念ホール

 

松岡 (M1)、梶田 美穂子、白壁 恭子:⼝頭発表・ポスター発表

可溶性ALCAM細胞外領域が細胞遊走能に与える影響

27回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2022819日、愛媛大学 南加記念ホール

 

福永 拓(M1)、武内章英、梶田美穂子、白壁恭子: ⼝頭発表

蛍光レポーターを⽤いた Alcam 遺伝⼦の選択的スプライシングの解析

68回 日本生化学会近畿支部例会、2022528日、滋賀医科大学/Web(ハイブリット形式)

 

 松井 耀史朗(M1)、越山友美、梶田美穂子、白壁恭子: ⼝頭発表

Donʼt eat me シグナル受容体 SIRPα の細胞外領域の⼤きさが機能に与える影響

68回 日本生化学会近畿支部例会、2022528日、滋賀医科大学/Web(ハイブリット形式)

 

2021年度

 

青井 祐里香(M2)、坂本 郁弥、白壁 恭子:ポスター発表

 シェディングがRab7のリン酸化に及ぼす影響の解析

 44回 日本分子生物学会年会、2021122日、パシフィコ横浜

 

高木 智代(M2)、松岡真優、白壁 恭子:ポスター発表

接着分子ALCAMのシェディングによる細胞機能制御

44回 日本分子生物学会年会、2021122日、パシフィコ横浜

 

 北方 紗知(M1) : 口頭発表

 SIRPαにおけるシェディング切断配列の決定

26回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、 2021827日、オンライン開催

 

2020年度

 

白壁 恭子:ワークショップ

適応応答である細胞外領域シェディングの特異性維持機構

43回 日本分子生物学会年会、2020124日、オンライン開催

 

岩岸 遼(M2) 高木 智代、植山 萌恵、川村 晃久、白壁 恭子:ポスター発表

膜タンパク質のストーク領域に存在する酸性アミノ酸が細胞外ドメインシェディングを抑制する

43回 日本分子生物学会年会、2020123日、オンライン開催

 

瀬戸 宗之助(M2) 田中 里佳、高木 淳一、白壁 恭子:ポスター発表

ADAM17-による細胞外ドメインシェディングは、細胞表面と切断部位の距離に依存する

43回 日本分子生物学会年会、2020123日、オンライン開催

 

青井 祐里香(M1)、白壁 恭子:ポスター発表

細胞外ドメインシェディングがRab7の翻訳後修飾に与える影響の解析

93回 日本生化学会大会、2020914日、オンライン開催

 

高木 智代(M1)、白壁 恭子:ポスター発表

ALCAMのシェディングによる細胞運動能制御機構

93回 日本生化学会大会、2020914日、オンライン開催

 

岩岸 遼(M2) 、白壁 恭子:中止

ゲノム編集技術を用いたSIRPαのスプライシングバリアントの機能解析

25回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2020821-22

 

青井 祐里香(M1)、白壁 恭子:中止

細胞外ドメインシェディングがRab7の翻訳後修飾に与える影響の解析

25回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2020821-22

 

高木 智代(M1)、白壁 恭子:中止

ALCAMのシェディングによる細胞運動能制御機構

25回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2020821-22

 

2019年度

 

花房 洋、八木 拓也、西岡 明生、貝淵 弘三、白壁 恭子、松本 邦弘:ポスター発表

LRRK1Rab7 Ser-72をリン酸化し、エフェクター分子RILPによるEGFR含有エンドソームの輸送を促進する

42回 日本分子生物学会年会、2019123日、福岡国際会議場 福岡サンパレスホテル&ホール マリン メッセ福岡

 

田中 里佳(M1)、白壁 恭子:ポスター発表

膜タンパク質のシェディングを介した亜鉛シグナル制御機構の解明

42回 日本分子生物学会年会、2019123日、福岡国際会議場 福岡サンパレスホテル&ホール マリン メッセ福岡

 

瀬戸 宗之助(M1)、川村 晃久、黒柳 秀人、白壁 恭子:ポスター発表

選択的スプライシングによるCADM1のシェディング感受性制御が細胞の分化に及ぼす影響

42回 日本分子生物学会年会、2019123日、福岡国際会議場 福岡サンパレスホテル&ホール マリン メッセ福岡

 

岩岸 遼(M1)、白壁 恭子:ポスター発表

ゲノム編集技術を用いたSIRPαのスプライシングバリアントの機能解析

42回 日本分子生物学会年会、2019123日、福岡国際会議場 福岡サンパレスホテル&ホール マリン メッセ福岡

 

Kyoko Shirakabe, Junichi Takagi, Yoshihiro Ogawa Seisuke Hattori

Susceptibility to ectodomain shedding of membrane proteins is determined by alternative splicing

11th General Meeting of the International Proteolysis Society2019/10/2Marianske Lazne, Czech Republic

 

岩岸 遼(M1)、田中 里佳、白壁 恭子:口頭発表、ポスター発表

酸性アミノ酸クラスターによるシェディング感受性制御機構の解析

24回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、201982日、岐阜大学サテライトキャンパス

 

白壁 恭子:口頭発表

タンパク質修飾生物学研究室が目指すもの

6回 摂動生物学研究会、2019629日、岡山大学・異分野融合先端研究コア

 

瀬戸 宗之助(M1) :口頭発表

CADM1の選択的スプライシングが細胞の分化に及ぼす影響

6回 摂動生物学研究会、2019629日、岡山大学・異分野融合先端研究コア

 

白壁 恭子:ワークショップ

あるがままで道を拓こう

19回 日本蛋白質科学会年会・第71回 日本細胞生物学会大会 合同年次大会、2019626日、神戸国際会議場、神戸国際展示場

 

田中 里佳(M1) 、岩岸 遼、高木 淳一、白壁 恭子: 口頭発表、ポスター発表

膜タンパク質のシェディング切断部位決定機構の解析

66回 日本生化学会近畿支部例会、2019525日、京都大学 宇治キャンパス宇治おうばくプラザ

 

 

 

 

 

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