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  Copyrights 2009 Computational Biomolecular Chemistry Laboratory


I.アミノ酸間平均距離統計に基づく解析を用いた方法

(1)アミノ酸間平均距離統計に基づく解析
   Average Distance Map(ADM)法
   残基間平均距離統計に基づく残基間ポテンシャルによるコンタクト
   頻度の解析(F値解析と呼んでいる)。

  具体的なテーマ
   1.αβsplitタンパクのフォールディング機構の解析
   2.グロビンフォールドE-Hユニットの普遍性
   3.IgG結合タンパクにおける高配列相同性タンパクの構造に差異
   4.α/βタンパクのフォールディング機構の解析


(2)Go モデルを用いたタンパクの構造形成機構の予測粗視化したタンパ
  クモデルとGo モデルを用いてタンパクフォールディング機構の再現
  を試みる。

(3)タンパクのフォールディング機構と進化との関係の解析



II.アミノ酸間平均距離統計に基づくタンパク質立体構造予測法の開発

次の流れでタンパク質の立体構造の予測を試みる。

 (1)
ADM法によるコンパクト領域の予測
 (2)F値解析による構造形成部分の予測
 (3)類似配列(構造未知でよい)を用いたmultiple alignmentによる構
   造形成部分のモチーフの決定
 (4)モチーフによるPDB構造の検索
 (5)構造形成部分のモデリング
 (6)全体構造のモデリング

 

III.自由エネルギー変分原理に基づく相対的タンパク-リガンド結合自
  由エネルギーの予測

(1)
相対的結合自由エネルギー計算のプロトコールの確立

(2)様々な方法によるリガンド分子の分類と自由エネルギー変分原理と
  の関連の検討

(3)自由エネルギー変分原理の直接計算

  対象としているタンパク-リガンド系
    免疫抑制剤結合タンパク(FKBP)阻害剤、ジヒドロ葉酸還元酵素
    (DHFR)阻害剤