1999年2月に大学院新展開推進本部が設置され、社会と世界に開かれた大学院展開に向けて具体的に動き出しました。
この結果、衣笠キャンパスには、2001年に本学初の独立研究科として「応用人間科学研究科」に始まり、下記の通り研究科の設置が続きました。また、「21世紀COEプログラム」に採択されたプログラムの研究の場となる最先端の教育研究施設も建設されました。
一方、びわこ・くさつキャンパス(BKC)でも本学初の一貫制博士課程の「理工学研究科フロンティア理工学専攻」、留学生を対象とし英語のみにより修了可能な本学初の「理工学研究科国際産業特別コース」(2001年)を設置しました。
また、2004年には、クリエーションコアを基本棟とする情報理工学部が設置されました。さらに、産官学地域連携を一層強化し、大学と地域産業界の協力により新事業の創出・育成を目指す場として、立命館大学BKCインキュベータがオープン。多くの企業が入居し、学生に対する起業支援も行われています。
2002年には、立命館宇治高等学校が、現在の宇治市へ移転。翌2003年には立命館宇治中学校を開校。「スーパーイングリッシュハイスクール」および「国語教育推進校」としての歩みを進めていきました。