立命館大学生命科学部
生命医科学科タンパク質修飾生物学研究室

Zhihai Hua, Ryoma Watanabe, Taku Fukunaga, Yojiro Matsui, Mayu Matsuoka, Shoya Yamaguchi, Shun-ya Tanabe,
Miyu Yamamoto, Keiko Tamura-Kawakami, Junichi Takagi, Mihoko Kajita, Eugene Futai, Kyoko Shirakabe.
C-terminal amino acids in the type I transmembrane domain of L-type lectin VIP36 affect γ-secretase susceptibility. Biochemical and Biophysical Research Communications. Volume 696, 12 February 2024, 149504

Iwagishi R, Tanaka R, Seto M, Takagi T, Norioka N, Ueyama T, Kawamura T, Takagi J, Ogawa Y, Shirakabe K.* Negatively charged amino acids in the stalk region of membrane proteins reduce ectodomain shedding. J Biol Chem. 295(35), 12343-12352, 2020. *: corresponding author Editors’ Picks,
“Women in Biological Chemistry”

Hanafusa H., Yagi T., Ikeda H., Hisamoto N., Nishioka T., Kaibuchi K., Shirakabe K. and Matsumoto K. LRRK1 phosphorylation of Rab7 at S72 links trafficking of EGFR-containing endosomes to its effector RILP. J Cell Sci. 132(11), pii: jcs228809. doi: 10.1242/jcs.228809. 2019.

Shirakabe K. *, Omura T., Shibagaki Y., Mihara E., Homma K., Kato Y., Yoshimura A., Murakami Y., Takagi J., Hattori S. and Ogawa Y. Mechanistic insights into ectodomain shedding: susceptibility of CADM1 adhesion molecule is determined by alternative splicing and O-glycosylation. Sci Rep. 7, 46174, doi: 10.1038/srep46174. 2017. *: corresponding author

Tsumagari K.*, Shirakabe K.*, Ogura M., Sato F., Ishihama Y. and Sehara-Fujisawa A. Secretome analysis to elucidate metalloprotease-dependent ectodomain shedding of glycoproteins during neuronal differentiation. Genes Cells. 22(2), 237-244, 2017. *: equal contributions

Shirakabe K.*, Shibagaki Y., Yoshimura A., Koyasu S. and Hattori S. A proteomic approach for the elucidation of the specificity of ectodomain shedding. J Proteomics. 98, 233-243, 2014. *: corresponding author

Shirakabe K.*, Hattori S., Seiki M., Koyasu S. and Okada Y. VIP36 protein is a target of ectodomain shedding and regulates phagocytosis in macrophage Raw 264.7 cells. J Biol Chem. 286(50), 43154-43163, 2011. *: corresponding author

Machida M., Kosako H., Shirakabe K., Kobayashi M., Ushiyama M., Inagawa J., Hirano J., Nakano T., Bando Y., Nishida E. and Hattori S. Purification of phosphoproteins by immobilized metal affinity chromatography and its application to phosphoproteome analysis. FEBS J. 274(6), 1576-1587, 2007.

Shirakabe K., Priori G., Yamada H., Ando H., Horita S., Fujita T., Fujimoto I., Mizutani A., Seki G. and Mikoshiba K. IRBIT, an inositol 1,4,5-triphosphate receptor-binding protein, specifically binds to and activates pancreas-type Na+/HCO3- cotransporter 1 (pNBC1). Proc Natl Acad Sci USA., 103(25), 9542-9547, 2006.

Ohkawara B.*, Shirakabe K.*, Hyodo-Miura J., Matsuo R., Ueno N., Matsumoto K. and Shibuya H. Role of the TAK1-NLK-STAT3 pathway in TGF-beta-mediated mesoderm induction. Genes Dev. 18(4), 381-386, 2004. *: equal contributions

Yamada M., Ohkawara B., Ichimura N., Hyodo-Miura J., Urushiyama S., Shirakabe K. and Shibuya H. Negative regulation of Wnt signalling by HMG2L1, a novel NLK-binding protein. Genes Cells. 8(8), 677-684, 2003.

Yan Y., Shirakabe K. and Werb Z. The metalloprotease Kuzbanian (ADAM10) mediates the transactivation of EGF receptor by G protein-coupled receptors. J Cell Biol. 158(2), 221-226, 2002.

Shirakabe K., Terasawa K., Miyama K., Shibuya H. and Nishida E. Regulation of the activity of the transcription factor Runx2 by two homeobox proteins, Msx2 and Dlx5. Genes Cells. 6(10), 851-856, 2001.

Shirakabe K., Wakatsuki S., Kurisaki T. and Fujisawa-Sehara A. Roles of Meltrin beta/ADAM19 in the processing of neuregulin. J Biol Chem. 276(12), 9352-9358, 2001.

Shirakabe K., Yamaguchi K., Shibuya H., Irie K., Matsuda S., Moriguchi T., Gotoh Y., Matsumoto K. and Nishida E. TAK1 mediates the ceramide signaling to stress-activated protein kinase/c-Jun N-terminal kinase. J Biol Chem. 272(13), 8141-8144, 1997.

Moriguchi T., Kuroyanagi N., Yamaguchi K., Gotoh Y., Irie K., Kano T., Shirakabe K., Muro Y., Shibuya H., Matsumoto K., Nishida E. and Hagiwara M. A novel kinase cascade mediated by mitogen-activated protein kinase kinase 6 and MKK3. J Biol Chem. 271(23), 13675-13679, 1996.

Shibuya H., Yamaguchi K., Shirakabe K., Tonegawa A., Gotoh Y., Ueno N., Irie K., Nishida E. and Matsumoto K. TAB1: an activator of the TAK1 MAPKKK in TGF-beta signal transduction. Science. 272(5265), 1179-1182, 1996.

Yamaguchi K., Shirakabe K., Shibuya H., Irie K., Oishi I., Ueno N., Taniguchi T., Nishida E. and Matsumoto K. Identification of a member of the MAPKKK family as a potential mediator of TGF-beta signal transduction. Science. 270(5244), 2008-2011, 1995.

Gotoh Y., Masuyama N., Dell K., Shirakabe K. and Nishida E. Initiation of Xenopus oocyte maturation by activation of the mitogen-activated protein kinase cascade. J Biol Chem. 270(43), 25898-25904, 1995.

Shirakabe K., Gotoh Y. and Nishida E. A mitogen-activated protein (MAP) kinase activating factor in mammalian mitogen-stimulated cells is homologous to Xenopus M phase MAP kinase activator. J Biol Chem. 267(23), 16685-16690, 1992.

白壁 恭子：「プロテオーム解析から明らかになったシェディングの役割と制御機構」化学と生物57(1) 15-20.（2019）

杉本康太朗：口頭発表
選択的スプライシングによるネトリン受容体UNC5Bのシェディング制御
第8回　「摂動生物」 研究集会、 2025/3/20-3/21、奈良先端科学技術大学院大学

山本 実侑：口頭発表
TREM2のシェディングと機能との関係
第8回　「摂動生物」 研究集会、 2025/3/20-3/21、奈良先端科学技術大学院大学

小西ちひろ：口頭発表
細胞外領域シェディングによるRab7制御機構の解析
第8回　「摂動生物」 研究集会、 2025/3/20-3/21、奈良先端科学技術大学院大学

山本 実侑、梶田 美穂子、白壁 恭子：ポスター発表
疾患に関わるTREM2変異のシェディングへの影響
第97回　日本生化学会大会、 2024/11/6-11/8、パシフィコ横浜

藤坂　さくら、梶田　美穂子、白壁　恭子 ：ポスター発表
シェディング阻害時に低分子量Gタンパク質Rab7のリン酸化を担うキナーゼの検討
第97回　日本生化学会大会、2024/11/6-11/8、パシフィコ横浜

小西ちひろ、梶田美穂子、白壁恭子 ：ポスター発表（掲示）
細胞外領域シェディングによるRab7制御機構の解析
第97回　日本生化学会大会、2024/11/6-11/8、パシフィコ横浜

田邉 駿弥、梶田 美穂子、元村 一基、樗木 俊聡、白壁 恭子 ：ポスター発表
組織常在性マクロファージによる変異細胞の認識メカニズムの解析
第97回　日本生化学会大会、2024/11/6-11/8、パシフィコ横浜

山田実佳、梶田美穂子、白壁恭子 ：ポスター発表
細胞運動における ALCAMスプライシングアイソフォームの局在の可視化
第97回　日本生化学会大会、2024/11/6-11/8、パシフィコ横浜

杉本 康太朗、黒柳 秀人、梶田 美穂子、白壁 恭子：ポスター発表
ネトリン受容体UNC5Bのシェディングが機能に与える影響
第97回　日本生化学会大会、2024/11/6-11/8、パシフィコ横浜

山本 実侑、梶田 美穂子、白壁 恭子：口頭発表・ポスター発表
疾患に関わるTREM2変異のシェディングへの影響
第29回日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2024/9/6-9/7、東京大学大学院薬学系研究科　講堂

藤坂　さくら、梶田　美穂子、白壁　恭子 ：口頭発表・ポスター発表
シェディング阻害時に低分子量Gタンパク質Rab7のリン酸化を担うキナーゼの検討
第29回日本病態プロテアーゼ学会学術集会、 2024/9/6-9/7、東京大学大学院薬学系研究科　講堂

小西ちひろ、梶田美穂子、白壁恭子 ：口頭発表・ポスター発表
細胞外領域シェディングによるRab7制御機構の解析
第29回日本病態プロテアーゼ学会学術集会、 2024/9/6-9/7、東京大学大学院薬学系研究科　講堂

田邉 駿弥、梶田 美穂子、元村 一基、樗木 俊聡、白壁 恭子 ：口頭発表・ポスター発表
組織常在性マクロファージによる変異細胞の認識メカニズムの解析
第29回日本病態プロテアーゼ学会学術集会、 2024/9/6-9/7、東京大学大学院薬学系研究科　講堂

山田実佳、梶田美穂子、白壁恭子 ：口頭発表・ポスター発表
細胞運動における ALCAMスプライシングアイソフォームの局在の可視化
第29回日本病態プロテアーゼ学会学術集会、 2024/9/6-9/7、東京大学大学院薬学系研究科　講堂

杉本 康太朗、黒柳 秀人、梶田 美穂子、白壁 恭子：口頭発表・ポスター発表
ネトリン受容体UNC5Bのシェディングが機能に与える影響
第29回日本病態プロテアーゼ学会学術集会、 2024/9/6-9/7、東京大学大学院薬学系研究科　講堂

小西ちひろ、梶田美穂子、白壁恭子：ポスター発表
細胞外領域シェディングによるRab7制御機構の解析
第70回 日本生化学会近畿支部例会、2024年5月25日、国立循環器病研究センター

杉本 康太朗、黒柳 秀人、梶田 美穂子、白壁 恭子：ポスター発表
ネトリン受容体UNC5Bのシェディングが機能に与える影響
第70回 日本生化学会近畿支部例会、2024年5月25日、国立循環器病研究センター

山本 実侑、梶田 美穂子、白壁 恭子：ポスター発表
疾患に関わるTREM2変異のシェディングへの影響
第70回 日本生化学会近畿支部例会、2024年5月25日、国立循環器病研究センター

Kyoko Shirakabe
Analysis of molecular mechanisms determining susceptibility to ectodomain shedding
Proteolysis at the membrane - from signaling to disease, 2024/5/13-16, Kroster Seeon, Bavaria, Germany

田邉 駿弥：口頭発表
組織常在性マクロファージによる変異細胞の認識メカニズムの解析
第7回「摂動生物」 研究集会、2024年3月29日、大阪市立大学

藤坂さくら：口頭発表
低分子量Gタンパク質Rab7のリン酸化を担うキナーゼの検討
第7回「摂動生物」 研究集会、2024年3月29日、大阪市立大学

山田 実佳：口頭発表
細胞運動におけるALCAMスプライシングバリアントの局在の可視化
第7回「摂動生物」 研究集会、2024年3月29日、大阪市立大学

山本 実侑：口頭発表
疾患に関わるTREM2変異とシェディングへの影響
第7回「摂動生物」 研究集会、2024年3月29日、大阪市立大学

白壁 恭子：ランチョンワークショップ
ダイバーシティ推進委員会企画
挑戦する心を雑多な「御役目」から守る方法
第96回 日本生化学会大会、2023年11月2日、福岡国際会議場・マリンメッセ

白壁 恭子：シンポジウム
恒常性維持における膜タンパク質プロセシングの役割
第96回 日本生化学会大会、2023年11月1日、福岡国際会議場・マリンメッセ

松井 耀史朗、梶田 美穂子、元村 一基、越山 友美、白壁 恭子：ポスター発表
Don’ｔeat meシグナル受容体SIRPαの細胞外領域の大きさが機能に与える影響
第96回 日本生化学会大会、2023年11月1日、福岡国際会議場・マリンメッセ

福永 拓、梶田 美穂子、武内 章英、白壁 恭子：ポスター発表
ALCAMの細胞外ドメインシェディングと選択的スプライシングによる調節
第96回 日本生化学会大会、2023年11月1日、福岡国際会議場・マリンメッセ

松岡 真優、梶田 美穂子、白壁 恭子：ポスター発表
接着分子ALCAMのシェディングによる細胞遊走制御機構
第96回 日本生化学会大会、2023年11月1日、福岡国際会議場・マリンメッセ

山田 実佳(M1), 松岡 真優, 梶田 美穂子, 白壁 恭子：ポスター発表
細胞運動におけるALCAMスプライシングバリアントの局在の可視化
第96回 日本生化学会大会、2023年11月1日、福岡国際会議場・マリンメッセ

藤坂 さくら(M1), 梶田 美穂子, 白壁 恭子：ポスター掲示のみ
低分子量Gタンパク質Rab7のリン酸化を担うキナーゼの検討
第96回 日本生化学会大会、2023年11月1日、福岡国際会議場・マリンメッセ

田邉 駿弥(M1), 梶田 美穂子, 元村 一基, 樗木 俊聡, 白壁 恭子：ポスター発表
組織常在性マクロファージによる変異細胞の認識メカニズムの解析
第96回 日本生化学会大会、2023年11月1日、福岡国際会議場・マリンメッセ

藤坂 さくら(M1), 梶田 美穂子, 白壁 恭子：ポスター掲示のみ
低分子量Gタンパク質Rab7のリン酸化を担うキナーゼの検討
第96回 日本生化学会大会、2023年11月1日、福岡国際会議場・マリンメッセ

福永 拓(M2)、梶田 美穂子、武内 章英、白壁 恭子：口頭発表・ポスター発表
ALCAMの細胞外ドメインシェディングと選択的スプライシングによる調節
第28回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2023年8月25日、大阪医科薬科大学本部北キャンパス

松井 耀史朗(M2)、梶田 美穂子、元村 一基、越山 友美、白壁 恭子：口頭発表・ポスター発表
Don’ｔeat meシグナル受容体SIRPαの細胞外領域の大きさが機能に与える影響
第28回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2023年8月25日、大阪医科薬科大学本部北キャンパス

松岡 真優(M2)、梶田 美穂子、白壁 恭子：口頭発表・ポスター発表
接着分子ALCAMのシェディングによる細胞遊走制御機構
第28回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2023年8月25日、大阪医科薬科大学本部北キャンパス

Kyoko Shirakabe
PROTEOMIC APPROACHES TO MEMBRANE PROTEIN PROCESSING
12th General Meeting of the International Proteolysis Society,2023/6/27, NATIONAL UNIVERSITY OF SINGAPORE, SINGAPORE

藤坂 さくら(M1) 、梶田 美穂子、白壁 恭子：ポスター発表
低分子量Gタンパク質Rab7のリン酸化を担うキナーゼの検討
第69回 日本生化学会近畿支部例会、2023年5月28日、京都大学百周年時計台記念館

田邉 駿弥(M1) 、梶田 美穂子、白壁 恭子：ポスター発表
組織常在性マクロファージによる変異細胞の認識メカニズムの解析
第69回 日本生化学会近畿支部例会、2023年5月28日、京都大学百周年時計台記念館

北方 紗知(M2)、梶田 美穂子、白壁 恭子：ポスター発表
細胞間コミュニケーションにおけるSIRPαスプライシングバリアントの機能の比較
第45回 日本分子生物学会年会、2022年11月30日、幕張メッセ

坂本 郁弥(M2)、梶田 美穂子、白壁 恭子：ポスター発表
Rab7変異体を用いたリン酸化の解析
第45回 日本分子生物学会年会、2022年11月30日、幕張メッセ

花 智海(M2)、梶田 美穂子、白壁 恭子：ポスター発表
VIP36の膜内切断 (RIP) 感受性を決定する膜貫通領域アミノ酸配列について
第45回 日本分子生物学会年会、2022年11月30日、幕張メッセ

白壁 恭子、梶田 美穂子：口頭発表
膜タンパク質の2段階プロセシングが果たす機能的意義とその制御機構
第95回 日本生化学会大会、2022年11月11日、名古屋国際会議場

白壁 恭子：ワークショップ
To be PI or non PI, that should be a question
第95回 日本生化学会大会、2022年11月11日、名古屋国際会議場

梶田 美穂子、菅波 孝祥、浅原 哲子、白壁 恭子：口頭発表・ポスター発表
細胞外領域シェディング耐性のTREM2変異体の作製
第27回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2022年8月19日、愛媛大学　南加記念ホール

福永 拓(M1)、武内 章英、梶田 美穂子、白壁 恭子：口頭発表・ポスター発表
蛍光レポーターを用いた Alcam 遺伝子の選択的スプライシングの解析
第27回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2022年8月19日、愛媛大学　南加記念ホール

松井 耀史朗(M1)、越山 友美、元村 一基、梶田 美穂子、白壁 恭子：口頭発表・ポスター発表
Don’t eat meシグナル受容体SIRPαの細胞外領域の大きさが機能に与える影響
第27回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2022年8月19日、愛媛大学　南加記念ホール

松岡 真優(M1)、梶田 美穂子、白壁 恭子：口頭発表・ポスター発表
可溶性ALCAM細胞外領域が細胞遊走能に与える影響
第27回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2022年8月19日、愛媛大学　南加記念ホール

福永 拓(M1)、武内 章英、梶田 美穂子、白壁 恭子：口頭発表
蛍光レポーターを用いた Alcam 遺伝子の選択的スプライシングの解析
第68回 日本生化学会近畿支部例会、2022年5月28日、滋賀医科大学/Web(ハイブリット形式）

松井 耀史朗(M1)、越山 友美、梶田 美穂子、白壁 恭子：口頭発表
Don't eat me シグナル受容体 SIRPα の細胞外領域の大きさが機能に与える影響
第68回 日本生化学会近畿支部例会、2022年5月28日、滋賀医科大学/Web(ハイブリット形式）

青井 祐里香(M2)、坂本 郁弥、白壁 恭子：ポスター発表
シェディングがRab7のリン酸化に及ぼす影響の解析
第44回 日本分子生物学会年会、2021年12月2日、パシフィコ横浜

高木 智代(M2)、松岡 真優、白壁 恭子：ポスター発表
接着分子ALCAMのシェディングによる細胞機能制御
第44回 日本分子生物学会年会、2021年12月2日、パシフィコ横浜

北方 紗知(M1) : 口頭発表
SIRPαにおけるシェディング切断配列の決定
第26回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2021年8月27日、オンライン開催

白壁 恭子：ワークショップ
適応応答である細胞外領域シェディングの特異性維持機構
第43回 日本分子生物学会年会、2020年12月4日、オンライン開催

岩岸 遼(M2) 高木 智代、植山 萌恵、川村 晃久、白壁 恭子：ポスター発表
膜タンパク質のストーク領域に存在する酸性アミノ酸が細胞外ドメインシェディングを抑制する
第43回 日本分子生物学会年会、2020年12月3日、オンライン開催

瀬戸 宗之助(M2) 、田中 里佳、高木 淳一、白壁 恭子：ポスター発表
ADAM17-による細胞外ドメインシェディングは、細胞表面と切断部位の距離に依存する
第43回 日本分子生物学会年会、2020年12月3日、オンライン開催

青井 祐里香(M1)、白壁 恭子：ポスター発表
細胞外ドメインシェディングがRab7の翻訳後修飾に与える影響の解析
第93回 日本生化学会大会、2020年9月14日、オンライン開催

高木 智代(M1)、白壁 恭子：ポスター発表
ALCAMのシェディングによる細胞運動能制御機構
第93回 日本生化学会大会、2020年9月14日、オンライン開催

岩岸 遼(M2) 、白壁 恭子：中止
ゲノム編集技術を用いたSIRPαのスプライシングバリアントの機能解析
第25回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2020年8月21日-22日

青井 祐里香(M1)、白壁 恭子：中止
細胞外ドメインシェディングがRab7の翻訳後修飾に与える影響の解析
第25回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2020年8月21日-22日

高木 智代(M1)、白壁 恭子：中止
ALCAMのシェディングによる細胞運動能制御機構
第25回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2020年8月21日-22日

花房 洋、八木 拓也、西岡 明生、貝淵 弘三、白壁 恭子、松本 邦弘：ポスター発表
LRRK1はRab7 Ser-72をリン酸化し、エフェクター分子RILPによるEGFR含有エンドソームの輸送を促進する
第42回 日本分子生物学会年会、2019年12月3日、福岡国際会議場 福岡サンパレスホテル＆ホール マリン メッセ福岡

田中 里佳(M1)、白壁 恭子：ポスター発表
膜タンパク質のシェディングを介した亜鉛シグナル制御機構の解明
第42回 日本分子生物学会年会、2019年12月3日、福岡国際会議場 福岡サンパレスホテル＆ホール マリン メッセ福岡

瀬戸 宗之助(M1)、川村 晃久、黒柳 秀人、白壁 恭子：ポスター発表
選択的スプライシングによるCADM1のシェディング感受性制御が細胞の分化に及ぼす影響
第42回 日本分子生物学会年会、2019年12月3日、福岡国際会議場 福岡サンパレスホテル＆ホール マリン メッセ福岡

岩岸 遼(M1)、白壁 恭子：ポスター発表
ゲノム編集技術を用いたSIRPαのスプライシングバリアントの機能解析
第42回 日本分子生物学会年会、2019年12月3日、福岡国際会議場 福岡サンパレスホテル＆ホール マリン メッセ福岡

Kyoko Shirakabe, Junichi Takagi, Yoshihiro Ogawa Seisuke Hattori
Susceptibility to ectodomain shedding of membrane proteins is determined by alternative splicing
11th General Meeting of the International Proteolysis Society､2019/10/2､Marianske Lazne, Czech Republic

岩岸 遼(M1)、田中 里佳、白壁 恭子：口頭発表、ポスター発表
酸性アミノ酸クラスターによるシェディング感受性制御機構の解析
第24回 日本病態プロテアーゼ学会学術集会、2019年8月2日、岐阜大学サテライトキャンパス

白壁 恭子：口頭発表
タンパク質修飾生物学研究室が目指すもの
第6回 摂動生物学研究会、2019年6月29日、岡山大学・異分野融合先端研究コア

瀬戸 宗之助(M1)：口頭発表
CADM1の選択的スプライシングが細胞の分化に及ぼす影響
第6回 摂動生物学研究会、2019年6月29日、岡山大学・異分野融合先端研究コア

白壁 恭子：ワークショップ
あるがままで道を拓こう
第19回 日本蛋白質科学会年会・第71回 日本細胞生物学会大会 合同年次大会、2019年6月26日、神戸国際会議場、神戸国際展示場

田中 里佳(M1)、岩岸 遼、高木 淳一、白壁 恭子: 口頭発表、ポスター発表
膜タンパク質のシェディング切断部位決定機構の解析
第66回 日本生化学会近畿支部例会、2019年5月25日、京都大学 宇治キャンパス宇治おうばくプラザ